비거주 1주택 종부세 공제 원상복구…세제개편안 29일 만에 돌아서

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2달 전 수정 · 2026년 9월 3일 오후 2:32

발행: 2026년 9월 1일 오후 11:04

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정부가 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제를 기존 12억 원으로 유지하는 내용의 2026년 세제개편 수정안을 확정했습니다. 실거주자 우대 방향은 유지하면서도 비거주자의 갑작스러운 세 부담을 완화한 절충안인데, 민주당은 추가 보완을, 조국혁신당은 공정과세 후퇴라고 비판했습니다. 양도세와 임대사업자 관련 내용은 원안대로 추진되며 국회 심사 과정에서 추가 쟁점이 될 전망입니다.

한 달 만에 돌아선 종부세 개편안

정부가 지난달 발표한 2026년 세제개편안을 29일 만에 상당 부분 되돌렸습니다. 9월 1일 국무회의에서 확정된 수정안의 핵심은 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제였는데요. 당초 실거주자는 14억 원, 비거주자는 9억 원으로 차등을 두려 했으나, 비거주자 공제액을 현행 12억 원으로 유지하기로 결정했습니다. 세 부담 상한을 200%로 올리려던 계획도 철회하고 150%를 유지하면서, 고가 주택을 보유한 비거주 1주택자들의 세 부담은 한 달 전 예상보다 크게 줄어들게 됐습니다.

이번 수정은 입법예고 기간 중 제기된 여론과 더불어민주당의 강력한 요구가 반영된 결과입니다. 특히 전세 보편화 등 국내 주거 문화를 고려할 때 거주 여부만으로 세금을 차등하는 것은 무리가 있다는 지적이 컸죠. 정부는 실거주자에 대한 우대는 유지하면서도, 비거주자의 갑작스러운 세 부담 증가를 완화하는 절충안을 선택했습니다.

실거주 원칙과 비거주자 사이에서

수정안은 실거주 1주택자의 기본공제를 14억 원으로 확대하는 방향은 그대로 유지했습니다. 다만 비거주자의 공제를 기존과 동일하게 맞추면서, 실거주 중심 과세라는 정책 기조가 흔들린 것 아니냐는 시각도 나옵니다. 더불어민주당은 이 정도로는 부족하다는 입장입니다. 불가피한 사유로 거주하지 못하는 경우까지 고려해 비거주자 공제도 14억 원으로 동일하게 상향하거나, 등록임대사업자에 대한 유예 기간을 확대해야 한다고 주장하고 있습니다.

반면 조국혁신당은 이번 결정을 강하게 비판했습니다. 전체 주택 소유자 가운데 종부세를 내는 사람은 3%에 불과하고, 1가구 1주택 납부자는 1% 수준이라며, 민주당이 중산층과 서민을 자처하면서 정작 상위 1%의 이익을 지켜줬다고 지적했습니다. 공평 과세라는 종부세의 본질을 훼손했고, 버티면 정부가 물러선다는 잘못된 신호를 시장에 줬다는 겁니다.

남은 쟁점과 국회 심사 과정

이번에 원상복구된 것은 종부세와 ISA 뿐입니다. 양도소득세 장기보유특별공제는 2029년부터 보유기간 공제를 폐지하고 거주기간에 대해서만 연 8%를 적용하는 방안이 원안대로 유지됐습니다. 등록임대사업자에 대한 양도세 중과 배제와 장특공제 특례 역시 2029년까지 단계적으로 폐지되는 내용이 그대로 담겼죠. 이른바 주가누르기방지법으로 불리는 상장주식 평가 개선안도 일부 여당 의원들의 보완 요구에도 불구하고 확정됐습니다.

이런 가운데 이형일 경제부총리 후보자가 과천 아파트 비거주 논란에 휩싸이면서 정책의 설득력도 타격을 입었습니다. 이 후보자는 해당 주택이 재건축으로 멸실된 상태라고 해명했지만, 정부의 실거주 원칙이 얼마나 확고한지에 대한 의문은 여전합니다. 이제 공은 국회로 넘어갔습니다. 종부세 공제를 둘러싼 여야의 입장 차가 여전한 만큼, 정기국회 심사 과정에서 추가적인 수정안이 나올 가능성도 배제하기 어렵습니다.